У меня с этой миссией проблем не было... главное в предыдущей миссии наклепать побольше перехватчиков и бомбардировщиков в примерно одинаковом соотношении, разбавить их несколькими звеньями корветов. Сразу в начале 3-й миссии посылаешь всё это к верфи, а после того, как они разберутся с врагами, отправляешь их поближе к астероидному полю, куда рекомендуют направить мобильный переработчик (в том районе через некоторое время появится Вэйгерский авианосец с эскортом - всё теми же силами, что собрал за это время, он выносится быстро). Параллельно с этим желательно построить звено скаутов, для отстрела вражеских зондов (их вроде 3 или 4 штуки будет).
После уничтожения авианосца направляешь всю ораву к верфи. К тому времени Mothership тоже к ней уже должен подлететь, если ты его сразу в начале миссии туда направил. Ну и в ходе финальной Вэйгерской атаки построй несколько зенитных фрегатов для помощи истребам, построй десантный фрегат, им захвати один из вейгерских фрегатов, потом ими обоими захвати ещё 2 (таким образом очень быстро десантный флот собирается), ну и главное грамотно командуй имеющимися силами, чтобы истребители и зенитные фрегаты атаковали истребители, корветы "Пульсар" - вражеские корветы, и быстро эскадрильями бомбардировщиков выноси авианосцы. Ну и про десантные фрегаты не забывай - для этого достаточно 1-2 звена бомберов рядом с верфью, + прикрытие от истребов.