вариант, если хаак решил перейти на сторону врага.
во-первых это все происходит после детального изучения чужих. герой понимает, что родная раса слишком кровожадна, что несмотря на попытки со стороны чужих установить контакт и перемирие хааки хотят всех их убить.(этакий космополит, трезво оценивающий устремления своего народа)

Миссия N, собственно разветвление сюжета.

(имхо нужно сделать так, чтобы отколоться он мог на любой стадии, но в зависимости от того, что у него есть в собственности ему дадут разные денежки за предательство. хаакские деньги естественно обнуляются)

во время разведывательной миссии он при помощи программируемого спутника, который он должен был вывесить для слежения связывается с чужими, и говорит, что хчет перейти на их сторону. чтобы доказать честность своих намерений он отдает чужим спутник для дачи дезинформации, и как обычно его чуть позже забирает. Хааки, уверенные, что в этом секторе не будет больших войск готовят стандартный флот вторжения.
в это время герой летит в патруль в составе кластера, предает своих товарищей и убивает, обломки выдает чужим вместе с чертежами кораблей.
-после в составе флота хааков вторгается в сектор, помогает чужим захватить бигшипы и ему его корабль оставляют и дают денежки и иммунитет, как любому перебежчику.
Миссия N+1. После предательства.
он играет роль консультанта, периодически летает на верфь и завоы оружейные, наконец новый корабль, переделанный из хаакского чужими построен, героя заставляют проходить испытания прототипа, а потом один из серии ему отдают(типа бонус вместо хаакского фрегата этот кораблик, способный нести как кионное так и некоторые виды обычного вооружения, но ТТХ тоже должны быть не читерские).
-после этого на него временами нападают хааки, чтобы убить предателя.
-его старом корабле ему надо выполнять разведывательные и диверсионные миссии, так как он все знает про хааков, бдучи одним из них. ему под командование в этих миссиях возможно дается крыло кораблей производства чужих, замаскированных под хааков.
-все заканчивается финальным мочиловом в хаакских секторах, в котором игрок каэшн участвует.

Вариант - хаки некогда были высокоразвитой рассой. Имели некие отнашения с создателями врат. В последствии, из-за какого либо катаклизма или трений с темиже создателями, расса деградировала до современного уровня. И вот задача игрока - вернуть былое величие своих предков. Сюда хорошо вяжется "читерский"
фрегат. Еще можно сделать в томже духе М0, размерами чтоб в ворота не пролазил и имел возможность прыжка в точку.